面白いお答えを頂きました。公開しても良いとの事ですので、公開いたします。
 「答えがわかっていて」やってるものと、本気で「わからなかった」ものとアレには混ざっていたわけですが、ここまで精密に答えていただくと「わかっていてやった」ものも、色々な考え方があると思い知らされます。
 SEEDに関しては本気でほとんど設定を知らない(というか原作アニメに出て来ないですよね、ほとんど?)ので、初めて知った事が多かったです。特にザフトが正式な軍隊でない(こうなると、ザフト士官って何者なのかというJ特有の疑問は残りますが)だとか、フラガとクルーゼが感応する理由だとか。

 今回の「スパロボJ」世界には、いくつかの前提条件/定義のようなものが存在するんじゃないかと思います。まず各メカの動力源について。謎のオカルトパワーで駆動する主人公メカ(笑)や、駆動システムが言及されてないスーパーロボット勢(コン・バトラーやダンクーガなんかですな)を除くと、

○モビルスーツ【ガンダムSEED】

  →大容量のコンデンサ搭載による電力稼動、またはNジャマーキャンセラー搭載型の機体なら核分裂反応(要は小型原子炉ですな)を堂々と使用したジェネレーター

○アーム・スレイブ(AS)【フルメタル・パニック!】

  →1世代前のAS(現用機種)は、ガスタービン・エンジンと大容量コンデンサの併用による二系統(バイナリー)式駆動。M9等、第3世代型ASは、常温核融合(パラジウム・リアクター)を利用した完全バッテリー駆動

 と、なってるらしいです(原作準拠)。ちなみにいわゆる〈宇宙世紀ガンダム〉、富野監督を原作とした頭に「機動戦士〜」の冠が付くガンダムシリーズにおけるモビルスーツの動力源は、ミノフスキー粒子による“超高温プラズマ封じ込め技術”を応用した核融合エンジン。←これを、「第3次α」で、〈核分裂反応を抑制する〉Nジャマーの制約を受けずにSEED系モビルスーツと宇宙世紀系モビルスーツとが混在できる“言い訳”としていたようですね。

 それから、「スパロボJ」世界では“天才”の定義も原作準拠で何パターンか混在していると見てよさそうです。

 ……この辺を叩き台にして、説明を進めるとスムーズに話が運べそうです。

●「山のバーストンは〜」

 以前、自分が【フルメタル・パニック!】原作者・賀東氏の公式ページにあるBBSへ書き込みにいった時のネタを思い出しました。たしか〈ミスリル〉の兵器群がNジャマーの制約を受けないのは、ブラック・テクノロジーの援用ですかねぇ? とか書いたら、
 つ「山のバーストンの核ミサイル」
…とかってResが付いたんですよ(笑)。
 そもそもNジャマーとは、原理は不明だが〈限定空間内の核分裂反応を抑制し、電波障害を引き起こす〉システムという、まさにザフト驚異のメカニズム(爆)。そいつを地雷のごとく地球全土に埋めくさる大迷惑な所行をプラント陣営がしてくれたってのが、【SEED】の背景でした。ただし管理人様が、次の疑問で【ゼオライマー】の木原マサキがブラック・テクノロジーに関する知識を入手してたっぽい、との記述を残してらっしゃるので、「スパロボJ」の超! 設定なら八卦ロボによる核兵器使用は可能かも知れません。要はNジャマーキャンセラーに依拠せずとも、鉄甲龍が何らかの独自ルート/あるいは技術でアンチジャマーを開発してたとか。もっとも原作【ゼオライマー】における八卦ロボの破壊力ってのは、「冥王計画」遂行(地上世界の完全破壊)が目的なので、本来なら戦術核レベルの低威力に収まるなんてありえない様な気がしますが。

●「鉄甲龍の〜」

 これを説明するには、原作【ゼオライマー】(一応、OVA版ですよ)における木原マサキの目的、並びに鉄甲龍の組織構成から紹介した方が的確かと思われます。本来マサキの目的=鉄甲龍の「冥王計画」とは、〈地上世界の完全破壊、そののちマサキ(あるいはその意思を反映した存在)が世界の覇王となること〉を意味します。彼(マサキ)にとっては、民草を統べることに興味はなく、最後に自分(の意思)が荒廃世界に残りさえすれば無問題なわけです。原作【ゼオライマー】のマサキは、最終的に世界の覇権を争う勢力が、八卦ロボ・ゼオライマーを有する日本政府か、残る鉄甲龍のいずれかだと予測していました。故にマサキは、両陣営に自らの意思を反映したクローン(秋津マサトと幽羅帝)を置いていたわけです(要はどちらが勝者となってもマサキ一人が親の総取り)。
 しかも戦いの趨勢が決した後、八卦衆はマサキにプログラミングされたトラウマを刺激されて自滅するよう仕込んであるという念の入れよう。
 鉄甲龍には、母体となる組織・国際電脳がありました(全世界のコンピュータネットワークの80%を掌握する多国籍企業)。当然、悪の秘密結社というウラの顔の存在を認識したうえで協力していた従業員もいたでしょう。さらにマサキは、ゼオライマーを奪取して日本政府へ亡命する際、鉄甲龍の要塞で大立ち回りを演じているハズです(←確かこの時の損害が、鉄甲龍の長期間潜伏/戦力再編を要した理由)。従って鉄甲龍は、ゲームの進行上で登場するキャラは数える程度ですが、その周辺協力者や構成員は、○ョッカーや○ルゴム並には存在したんじゃないでしょうか。

●「四ッ谷博士が〜」

 原作準拠で手許にある資料を調べてみました。引用元は、双葉社・刊「コン・バトラーV/ボルテスV/ダイモス/ダルタニアス大全」。
 ○コン・バトラーV
  [キャラ名]:四ッ谷博士(初期設定・企画段階時)→四谷博士(TV放映時)
 …ぶっちゃけ上記の本も資料としてはかなりいい加減なので、正誤の同定はできかねますが(笑)、要は過去のシリーズ作成していたスタッフ(特にウィンキー系に出向してたライター、ということか?)が原作アニメについて、良く知らなかったんじゃないかと。

●「M9とアーバレスト〜」

 これは、正直ビミョーな問題デスねぇ。そもそも原作【フルメタル・パニック!】で描写されていた、〈ミスリル〉が所持する兵器群の優位性=世界水準の10年未来をいく軍事技術って前提が、「スパロボJ」上ではじぇんじぇんアドバンスになってない様な気がします。何しろプラットフォームはバラバラであっても、各陣営/組織でロボット兵器は完成してますし。ほかにも連合・プラントの全面戦争化で「国際紛争の未然/小規模鎮圧」という〈ミスリル〉の存在意義そのものが形骸化してそう。あと〈ミスリル〉所持ASの優位性となると、「スパロボJ」上は常温核融合炉(パラジウム・リアクター)駆動でNジャマーの制約を受けないとか、ラムダ・ドライバを搭載してる位か?
 結局ASという機体は、あのサイズ・あの運用方法を選択しているから常温核融合炉(パラジウム・リアクター)という動力源が有効になるものらしいです。別のサイズで異なる武装を選ぶなら(高出力ビーム兵器を搭載するなど)、それこそモビルスーツなどの様により効率的な規格にしてしまうでしょう。要はすでに他のプラットフォームで最適の機体サイズ/その運用法が構築されてるなら、ムリに技術盗用する必然が薄れるんじゃないか? この場合、カリーニン少佐の厳命は“不用意なブラック・テクノロジーの流出に注意せよ”という程度の意味になるんじゃないでしょうか。ちなみにラムダ・ドライバ並びに、その制御デバイス・TAROSの完全解析は、ウィスパードでないとムリとの設定(原作準拠だと)。ウリバタケ氏に往年のアストナージさん級の腕前を要求するのは酷というものです(笑)。

●「かなめは〜」

 これもよくわからん(笑)。そもそも統夜編第1話から登場した学校(高校)って、原作にあった「陣代高校」って言及されてるんでしょうか? 一応、神楽坂先生は出演してましたけど。内容に詳しい方、ご指摘いただけましたら幸いです。原作小説版【フルメタル・パニック!】の時間経過から逆算してみましょう。長編1巻「戦うボーイ・ミーツ・ガール」ハイジャック事件(修学旅行)が5月連休前後、続く2巻「疾るワン・ナイト・スタンド」(有明襲撃)がその2ヶ月後、3巻「揺れるイントゥ・ザ・ブルー」(TDDシージャック)が8月下旬でした。宗介編入から3〜4ヶ月の期間に発生した事件という計算になります。ちなみに「スパロボJ」内ではナデシコ就航→連合・プラント開戦で8〜9ヶ月経過しているので、単純計算すると1年経過してますよ(爆)。かなめは高2の12月で17歳になるので、統夜編第1話時点では高1の冬(16歳になったばかり)か、それ以前なんでしょうか? もっともこれツッコんじゃうと、原作【ブレンパワード】で描かれてたヒメ・ブレンのリバイバル→勇のオルファン脱出までの1年間も、どこいってたのやらって話が出てしまいますが。それに比べればユリカの在籍期間なんてヌルい×2。要は飛び級(スキップ)ですよ、たぶん。結局原作【ナデシコ】なら西暦2190年代、「スパロボJ」内ならコスミック・イラの時代に現代と同じ学制が完全に残っているかどうかもアヤしいのですから。【コン・バトラーV】の小介も、『ぱにぽに』のベッキーのごとく(笑)、スキップでアメリカの大学に在籍してたですよ(原作準拠→ゲームへ流用)。

●「M9のAIは〜」

 「スパロボJ」のシナリオライターが、仕様も煮詰めないままカッコよさ重視で戦闘セリフを書き込んだ、とかだと身も蓋もないですな(笑)。基本的にASの操縦支援AIプログラムは、任意に積み換え/バックアップが可能である、という前提に則って掘りさげないとダメそう。確か原作【フルメタル・パニック!】序盤、「戦うボーイ・ミーツ・ガール」冒頭において、かなめ護衛任務用に配備されたM9は、マオ機(指揮官用のアンテナブレード付き)ではなかった気がします。護衛時はクルツ←→マオがコンバートで搭乗するケースもあるでしょうし。その際、各操縦兵(オペレーター)の戦闘用に特化された支援AI(たとえば対電子戦闘や狙撃・砲撃などの各分野別)だけしか実装できないってのは、汎用性に著しく欠ける仕様でしょうね。ちなみに「戦うボーイ・ミーツ・ガール」ハイジャック時にクルツ機は全損、「疾るワン・ナイト・スタンド」対ベヘモス戦でマオ機も破損しています。その段階で、膨大な戦闘データを蓄積した支援AIがすべてオジャンになったとしたら、偉い損害かと。従ってこれらのデータは、TDDなどを介して常にバックアップが記録されてると考えるのが妥当じゃないでしょうか。ちなみに原作小説では、M9のデータリンク機能(衛星通信回線を経由したデータアクセスや、他機種とのデータ共有など)についても言及されてましたよ。ゆえにAIプログラムそのものは積み換え/バックアップが可能そうですが、機体特性の異なるASに別のAIをインスコして十全の性能を発揮できるか? は、原作者氏やアニメスタッフに直接尋ねるのが最も的確かと思われます(爆)。

●「ベヘモスは〜」

 これは原作【フルメタル・パニック!】の第1期アニメ、というよりかそのあとに展開されている原作小説からの設定・先取りになっちゃうんじゃないかと。まずベヘモス。この機体はASとしては規格外のサイズで、本来なら自重で崩壊するシロモノ。それを支えているのが、“ラムダ・ドライバの常時稼動による斥力場発生”。この機能でベヘモスを維持しているわけ。ただしラムダ・ドライバの常時稼動は操縦兵に多大な負荷をかけるため、あまり現実的な運用方法ではないという設定でした(継戦能力が激減するうえ、操縦兵が疲労すれば隙も生じるって寸法ですよ)。ラムダ・ドライバ冷却装置の破壊による弱体化というのも、上記の理由から生じた攻略法なわけだ。そしてここから話を戻すと、ベヘモス開発当初は、ラムダ・ドライバの常時稼動に適応できる操縦兵はある種の調整/訓練を受けてないとダメってことでその最初の適格者がタクマだったんです。もっともこの制約も後のエピソードではアップデート>解消されたらしく、(ネタバレになりますが)原作小説「続くオン・マイ・オウン」では、ベヘモスとその操縦兵が団体さんで登場します。なおベヘモスを開発した組織は原作【フルメタル・パニック!】の第1期アニメでは未登場。その後のエピソード(アニメ/小説なり)で、ようやく〈アマルガム〉という名称が語られます。

●「ハープーンの〜」

 そもそもダナンに搭載されてたハープーンの弾頭って、核だし(確か)。ぶっちゃけ起爆してたら、ただでは済まなかった。もっとも「スパロボJ」には【SEED】世界からのNジャマーがあるか。まぁダメージ比率はゲーム特有の演出なんでしょうが(うわっ、投げやり!・爆)、アニメでは弾頭なしのミサイルが、海上艦艇のデッキをブチ抜くなんてな描写もあったはずですよ。

●「エイジは〜」

 今回の「スパロボ」における、【ドラグナー】の代用機だからです……ってなシャレにならない言い訳はさておき(笑)。実は原作アニメ【SPTレイズナー】の冒頭ではですね、レイズナー以下3体のSPTは搬送用の脱出ポッドに搭載した状態で、グラドス艦艇から脱出してたんですよ。この搬送ポッドは一応、各SPTの整備、バックパックや一部ユニット換装作業などに必要なメカだったわけです(ただし恒星間/惑星間航行能力はない)。レイズナー以外の2体は、本来エイジパパからの心尽くしだったというか(爆)。万一レイズナーがメンテ中で稼動不能になった場合は、ほかの機体で戦わないと生き残れないということなのでした。

○ここから先は、自分も未プレイ部分激増につき、ほとんど見当付かないなぁ。一応、残り部分を散見して、わかる範囲だけつまんでみます。

●「キラは何で〜」

 キラが実は東方不敗クラスに強いコーディネイターで……ってのは、かの有名な福田監督発言でしたか(笑)。たぶん「スパロボJ」内ではいっさい再現されてないと思われますが原作アニメ【SEED】には、同時展開のパラレルストーリー(スピンオフ/インサイドストーリー?)の「SEED ASTRAY」ってコンテンツがあります。こちらのシリーズで、キラは「ASTRAY」の主役、ロウ・ギュールに救出された(同様に重傷を負ったトラさんをダコスタ君が救出した)というエピソードが描かれてます。まぁそれが、セイフティシャッター1枚でキラが爆散せずに済んだとか、片腕片足失って良く生きてたねトラさん、てな理由にゃならないんでしょうけど。

●「フェイズシフト〜」以下、

 元々GAT-Xシリーズに試験採用されたPS装甲は、外部にリークされなければ連合、もしくはモルゲンレーテ社(オーブ)独自の技術だったはず。その場合、初見の敵はカラーリングの違いで装甲強度が変化する、なんてわからなかったことでしょう。何でも装甲に供給するエネルギー量の違いでカラーが変化するそうですよ(ゆえに、ストライクとストライクルージュは機体的には同一のもの。装甲に供給するエネルギーが恒常的に増えると、赤とかピンクになるらしい。【SEED】世界の技術設定だと)。従って「スパロボJ」内でフェイズシフトダウンが表現されなかったのは、面倒くさがってグラフィックの種類増やさなかっただけなんですね。←それも身も蓋もない話だな(w。

●「ザフトの為に〜」以下、

 ザフトとは、プラント陣営における厳密な軍組織ではなく、基本的に志願兵で編成された義勇軍部隊にあたるという設定です。従って彼らには一般的な軍組織でいう「階級」は存在せず、指揮系統や前線部隊のリーダーなどは、軍服/軍装の違いで識別できるようにしてあります(赤服がエリート部隊の軍服というのも、それが理由)。ゆえにクルーゼも「隊長」と呼称されることはありましたが、階級で呼ばれたことはないハズ。つまりザフト兵にとっては、志願ののち入隊した所属組織=守るべき母国(プラント)と同義にあたるわけです。(おそらく)徴兵制などを一部導入しているであろう、連合とは戦闘に臨む際の意識そのものから違うのだよ、ということを主張したいんじゃないでしょうか? ←でも嫁はこういう前提とかみんな台無しにするからなぁ(爆)。

●「士官?〜」

 【ナデシコ】劇中に登場する木星連合には、〈優人部隊〉ってのがあります。これは遺伝子調整によって生体ボソンジャンプに適応した、いうなれば木連のエリート兵士による精鋭部隊にあたります。エリートですのも、士官クラスに任官してるのは当然。もちろんボソンジャンプ対応型・機動兵器(ゲキガンタイプ)に登場できるのも、エリート士官様のみって理屈になるのです。ちなみに軍で人材層が薄くなると、まず手足になる兵卒を増やすよりも、作戦指揮をとれる士官から養成するのは世の常です。木連軍も志願入隊であろうとはいえ、絶対的な兵員数では木連<地球連合になっちゃうでしょうから。木連〈優人部隊〉における士官位バーゲンセールな理由は、こんなところかと。

●「何でユリカを〜」

 「ゲイルの10分後〜」シナリオと、原作アニメ【ナデシコ】再現の避難民圧殺シナリオは明らかに別モノでした(念のため)。結局、上記ユリカの失策は相転移エンジンの特性(宇宙空間のような真空に近い状態でないと、高出力を得られない)を考慮に入れず、不用意に地表へ着陸したことなんですよね。不完全な出力状態の相転移エンジンにチャージされてたエネルギー残量は、退却かフィールド展開の二択しかなかった。ただしその後の状況はイネスが指摘したとおり、チューリップの稼働状況とそこから転送される敵増援の総数は、どんな優秀な軍人にも予測が不可能なもの。しかも敵の目的が明らかに「対人掃討」であれば、遅かれ早かれ避難民は抹殺されていたわけです。だからって、ユリカの失策が避難を免れるものとも言い難いですけどね。ちなみに直後に挿入されてた「なぜなにナデシコ」は、本来だと火星古代文明のオーバーテクノロジー援用についての解説・ユリカの選択の弁明って意味合いがあったんですが、あの端折り方じゃ意味不明だ、確かに(笑)。その後のシナリオにあったナタルの【SEED】原作再現イベントは、軍人としては至極まっとうかつ、効率的。でもプライドも大義もあったもんじゃないよなぁ。まぁナデシコも、後のアークエンジェルも〈まともな軍組織〉に所属する部隊とは言い難いし。

●「で、結局SEEDって〜」

 これは原作【SEED】劇中でも、厳密に言及したことはないんですよね。要はナチュラルでもコーディでもない、人類の能力開発における新たな可能性ってことらしいんですが。その辺の因子を先天的/あるいは人為的に与えられてたのが、キラ、アスラン、カガリ、ラクスらしいです。……ホント、元の作品世界の作りが粗雑だと、類推でしかモノ言えないですねぇ(笑)。とりあえずあの魚の死んだような目はヤメテといいたい(爆)。

●「MSのOSって〜」

 サブテキストとして、「フルメタ」の原作小説を参照のこと(笑)。機体制御に関わる基本プログラムの効率が、その機体の運動性などに大きな影響を及ぼすってのは、実在する兵器にも見受けられるらしいです。その膨大なプログラムを瞬時に組み替え、最適化するなんてのは、やはりコーディの為せる技なんだろな。

●「コーディネイターって〜」

 文頭の大前提参照。結局、コーディのフィジカルな優秀性や天才性と、“精神性”の深さとして求められる部分は、同列で語れるものではありません、たぶん。だいたい根拠希薄な選民思想掲げる連中なんて、ナチュだろうとコーディだろうと、まともじゃないのなんて決まってるじゃないですか(笑)。

●「そもそも何であの5体〜」

 モビルスーツって、新型兵器運用の可能性(前衛・白兵戦、強行偵察、変形機構、砲撃戦、そのほか前述4例以外の汎用性を追求した局地戦対応換装システムなどなど……)を模索していたのは? 一応、開発順としては基幹機としてデュエル(素では一番特徴のない子)が生まれ、次いでイージス、ブリッツ、バスターを並行開発し、最後にストライクが完成したってことだそうです。そもそも海のものとも山のものとも知れない兵器に、従来型の運用思想なんて適用しようもないだろうし、量産体制に乗せられるかどうかもわからん試作機にまっとうな戦術ドクトリンなんて構築できようはずもない。中立コロニーでこっそり開発・実験なんて繰り返しても大々的なデータ収集も不可能そう。何よりも基本プログラムがアホで、並のパイロットに扱えないってんなら、まず運用思想云々以前の話じゃない? って気がしますよ(笑)。

●「フラガとクルーゼは〜」

 一応マジレスすると、ラウ・ラ・フラガの実子(ムウ)と父フラガ本人のクローン(クルーゼ)という関係。【SEED】世界にも建前上、固有の人間の完全クローンを育成してはいけないというタブーがあって、本来ムウとクルーゼが同時に同一世界に存在する事態は起こり得ない。2人の間に発生する直感は、同じ特異能力(空間認識能力)保有者どうしのシンパシィってことみたい。ま、カテゴリーFってネタに、自分的には同意の1票入れたい気持ちです(笑)。

●「大次郎は〜」

 嘘か真か、【ボルテスV】の長浜監督が鹿児島出身であったため、芝居が付けやすかったらしい。当時のロボットアニメとしては、そのおかげでキャラ立ち(縁の下の力持ち的な、次男坊)もよかったみたいだし。

●「〜テニアの胸は」

 自分的には乳スキーなので、充分肯定であります(爆)。

……結論から言うと、参戦タイトル原作内でのイベントを中途半端な再現度で盛り込む/パッチワークにするので、一事が万事“説明不足”に陥ってるんじゃないかと。これは「スパロボ」超! 設定と参戦タイトルの“イイトコ取り”以前の問題。以上、弁明の余地なし(断罪)!